在《黄帝内经》中记载了几种乐器的名称如：“琴、瑟、钟、鼓、木、石”。下面分别讨论它们在《内经》音乐疗法中的作用。
1. 琴
琴，现代称之为“古琴”，木制、中空、外敷丝弦、无琴码。虽然在当时已经有了七弦琴，但在《黄帝内经》中使用的却仍然是五弦琴。这反应了琴疗法至少是在商朝就已经存在了的情况。在《素问. 玉机真藏论》中记述了《内经》中唯一提到的“琴”字（‘如按琴瑟弦’）。《内经》中并没有琴疗法或类似的名称，但是在《灵枢. 阴阳二十五人》、《灵枢. 五音五味》、《素问. 五常政大论》和《六元正纪大论》中却大量的使用了五弦琴的乐音名。《内经》将五弦琴的乐音名称用于三个方面：1. 音乐疗法；2. 运气学说：3. 不同人类型的分类。
2. 瑟
瑟是一种古代乐器，在一个木制的共鸣箱上安放一些不同粗细的丝弦，各弦均有琴码。其中有五十弦的称为大瑟；有二十五弦的称为小瑟。瑟疗法在《内经》中并没有专门的论述，但是根据《内经》音乐疗法的基本理论瑟疗法是极有可能存在的。瑟的大字组和小字组定弦可以补五脏五腑及经络；瑟的小字1 组可以泻五腑及经络。
3. 钟
考古学研究发现，钟类乐器在夏朝就已经被发明了。在商朝钟类乐器的种类已经有很多种，如：编钟、镈、淳于、编铙、铮、铎等。一般认为钟是青铜制做的，但是后来发现也有陶土制作的。一般来说钟的横切面是圆形的、中空，这样的钟音可以持续较长的时间。但是作为乐器的钟是不可以长时间震动的，因为当下一个钟音震动后会与上一个音混在一起造成混乱。为了适合音乐的使用，古人制做了编钟。编钟的特点是双瓦型结构，这样的钟振动时间短、敲击不同的部位就会有不同频率的乐音。钟还常常被用来作为乐音的标准器来使用，如：五音编钟（宫钟、商钟、角钟、徵钟和羽钟）、五钟（青钟、赤钟、黄钟、景钟和黑钟）和十二钟等。《内经》中多次提到了钟，如《素问. 阳明脉解》说：“钟鼓不为动”；《素问. 刺法论》说：“姑洗林钟，商音不应也。”；《素问. 本病论》说：“况黄钟不应太窒，”等。钟可以用于乐音疗法，其法类似于瑟。
4. 鼓
一般来说 鼓是由木制的中间稍大的桶状结构，两面蒙以兽皮。但也有铜制的铜鼓和陶制的陶鼓。除现代的定音鼓外鼓音不能成为有音阶特征的乐音，所以鼓不用于可以调整人脏腑经络的乐音疗法。但是鼓对人的作用还是不可忽视的，因为击鼓可以使人兴奋、气血喷张，故常用于军事行动中。
5. 木
木作为八音乐器之一，常有木鱼、木鼓、敔、柷等。古代的木类乐器很少用于乐音疗法，但现代的木琴是可以用于乐音疗法的。《内经》中将木音作为引起疾病的原因之一，如《灵枢. 经脉》说：“闻木声则惕然而惊”。
6. 石
石也是八音之一，常用的石类乐器是编磬。《内经》中没有提到编磬，但是在《素问. 异法方宜论》中提到了砭石“其治宜砭石”。一般认为砭石是石制的针具或刀具，但是现代有人将编磬音乐疗法也归入砭石疗法。
五音堂郭原